ミナミマグロと本マグロはよく比較されるが、魚体の骨格、身質、脂質など本マグロと明らかに相違している。

ミナミマグロは以前に比べて上物が少なくなったが、濃厚な脂と甘みの点で人気がある。

トロの部分に特色があり脂が濃厚で、濃醇な甘みがある。最上クラスにもなると大トロのスジさえもやわらかくとろけます。

本まぐろは脂のノリは落ちるが、特有の酸味と旨みがあり、どちらを選ぶかは好みの問題になるでしょう。